Nye muligheter for enkeltcellestudier ved K2

«To study human biology, we must know our cells. Human physiology emerges from normal cellular functions and intercellular interactions. Human disease entails the disruption of these processes» Sitatet er hentet fra presentasjonen av «The Human Cell Atlas» i eLife. The Human Cell Atlas Consortium er et internasjonalt samarbeidsprosjekt som har som mål å beskrive alle typer humane celler og koble denne informasjonen med klassisk cellebiologisk kunnskap som lokalisasjon og morfologi. Atlaset skal være åpent tilgjengelig for alle forskere. I juni bevilget Chan Zuckerberg initiativet 68 millioner dollar til 38 forskningsgrupper for å studere ulike organer og systemer (som immunsystemet) i ulike populasjoner ved hjelp av prøver fra blod og organer (organdonorer, operasjonsvev). De neste årene vil det trolig bli generert enormt mye ny informasjon om våre celletyper og deres funksjon og interaksjon med andre celler.

Noen av forskningsgruppene på K2 har startet å ta i bruk enkeltcellemetoder, men nå blir dette mer tilgjengelig. Ni forskningsgrupper ved fakultetet har spleiset på innkjøp av 10X Genomics-teknologien som gjør det mulig å studere opp til 10 000 enkelt celler i ett forsøk. Teknikken baserer seg på isolering av enkeltceller i oljedråper som også inneholder barkodete primersekvenser. Deretter bulksekvenserer man alle cellene og kan dermed se hvilke gener som uttrykkes i hver enkelt celle, noe som kan brukes til å konstruere et vevskart der cellene grupperes etter egenskaper. I tillegg til RNA-seq kan 10X analysere kopinummervariasjon, ATAC-sekvensering på enkeltceller, og lange genom- og eksomsekvenseringer (https://www.10xgenomics.com/). Teknikken åpner for et vel av muligheter til å studere sykdomsprosesser på enkeltcellenivå og teste ut ulike behandlinger. Et nærliggende eksempel er kreftbehandling og behandlingsresponser til ulike tumorceller.

10X-maskinen vil bli lokalisert på Flowplattformen og det bli gitt opplæring i bruken. Interessenter kan kontakte Flowplattformen for nærmere informasjon. Forhåpentligvis vil mange grupper benytte seg av enkeltcelleteknikker.

Lykke til

Eystein Husebye

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert.