The Respiratory Research group is organising the workshop

Bioinformatic analysis of the airway microbiome: A QIIME2 workshop

16th – 20th of March 2020

This five-day workshop focuses on applied bioinformatics in the field of microbiome data mainly for non-computer scientists using QIIME2. The QIIME2 developers Greg Caporaso and Matthew Ryan Dillon will teach at the workshop.

Participants are required to have some experience with QIIME2 prior to attending the workshop, as no introduction to QIIME2 will be given. Examples used in the workshop will be from the MicroCOPD study, which is data consisting of 16S-rRNA (bacterial) and ITS (fungal) sequencing data from lung samples. Since these samples are low biomass, an emphasis will be on the challenges related to contamination in microbiome analysis.

Participants can bring their own data, but workshop datasets will also be provided. The sessions in the workshop include interactive discussions on several related topics such as different denoising strategies, bioinformatic identification and handling of contaminants, filtering strategies, diversity analyses, differential abundance testing, statistics interpretation, and visualisation and presentation of data.

The spaces are limited, and priority will be given to applicants with relevant background. If you are interested in attending the course, check out the information here:

https://www.digitallifenorway.org/arrangementer/bioinformatic-analysis-of-the-airway-microbiome-a-qiime2-workshop

Dette er en påminnelse om innsending av forskerlinjeprosjekt.

PROSJEKTER BES SENDT PÅ EPOST TIL marianne.stien@uib.no.

Les videre →

CamBioScience are organising courses and conferences that might be of interest. Courses include: Data Analysis, CRISPR and Organoids. More information about each course can be found on their website.

Use the promo code DEP05MW0709 during registration to get a 5% discount.

Priyanthi Borgen Gjerde will defend her PhD thesis on Wednesday 29th January 2020

Trial lecture: Wednesday 29th January 2020 at 09.15.
Topic: “Lipid metabolism in physical health promotion and follow up of treatment response in psychotic disorders”
Place:Auditorium, Armauer Hansens hus, Haukelandsveien 28

Public defense: Wednesday 29th January 2020 at 11.15.
Title of dissertation: “Lipid effects during antipsychotic drug treatment and their relevance for clinical outcomes”
Place: Auditorium, Armauer Hansens hus, Haukelandsveien 28

1st opponent: professor Olli Kampman, Universitetet i Tampere, Finland
2nd opponent: førsteamanuensis Eva Malt, Universitetet i Oslo
3rd member of the comittee: professor II Jørn V. Sagen, Universitetet i Bergen

The defense will be led by professor Francisco Gomez Real

Kan du fortelle litt om arbeidet ditt? Hva er de konkrete arbeidsoppgavene dine?
Jeg er ansatt i 100% stilling som professor ved Klinisk institutt 2, så hovedjobben min er jo i prinsippet todelt, å drive med forskning og med undervisning av medisinstudentene.
Forskningsmessig så har jeg i alle de år arbeidet hovedsakelig med dyreeksperimentell forskning med fokus på hjertefunksjon og sirkulasjon. Jobben innebærer å være både tilrettelegger, forskningsveileder samt prosjektmedarbeider i pågående doktorgradsprosjekter og forskergrupper.

For tiden er jeg involvert i flere dyreeksperimentelle studier på griser i full narkose. I disse dyremodellene kan vi simulerer åpne hjerteoperasjoner, livstruende sviktende hjertefunksjon og hjertestans. Mange av studiene handler om bruk av mekanisk sirkulasjonsstøtte med forskjellig typer utstyr (hjerte-lungemaskin, ECMO og Impella-pumper) som midlertidig kan understøtte eller erstatte hjertefunksjonen. Dette utstyret brukes også på pasienter, og vi ønsker i våre dyreeksperimenter å studere hvordan vi kan optimalisere hjertefunksjonen og sirkulasjonen til hjertemuskelen under og etter denne typen behandling. Det blir ofte lange dager i Vivarium med forsøk som kan vare i 8-10 timer. Der disponerer vi en god del avansert registreringsutstyr for vurdering av hjertefunksjon og sirkulasjon. Så går det jo mye tid til å samle, systematisere og analysere data fra slike forsøk. I samarbeid med doktorgradskandidater og andre utarbeides det så manuskripter med tanke på publikasjon.

Siden jeg opp gjennom årene har samarbeidet mest med hjertekirurgene ved Haukeland Universitetssykehus når det gjelder forskningen, har det blitt naturlig at jeg har en del undervisning for medisinstudentene om tema som omhandler hjerte- og thoraxkirurgisk behandling. Både rene forelesninger og pasient-nær undervisning på Hjerte Post 4 er noe av det jeg driver med. Jeg er jo dessuten involvert i nye eksamensordninger (OSKE) og i den faglige planleggingen av undervisningen i fagområdet Sirkulasjon. Siden jeg har muligheten her i K2Nytt; jeg og mange med meg synes at det er avsatt alt for liten tid og ressurser til undervisning både i hjertesykdommer generelt og i hjerte-thoraxkirurgi spesielt i den nye studieplanen MED2015. Her må det gjøres noen endringer.

Hva liker du å arbeide med på K2?
Det er vel det å arbeide sammen med andre mot noen felles mål både hva gjelder å få til god forskning og god studentundervisning som er det viktigste og som jeg liker best med jobben. I mitt tilfelle så kan det være å samarbeide med forskere, teknikere og administrative både fra K2, fra K1, fra Haukeland Universitetssykehus og andre. I tillegg så er det jo mange hyggelige kollegaer og medarbeidere som en treffer på og omgås med i hverdagen på K2.

Hei.
Jeg skriver til dere for å informere om justerte forskningsgrupper og forskningsgruppeledere.

Sammensetningen av forskningsgrupper og forskningsgruppeledere vil og må endre seg i takt med utvikling i fag og personal. Siste året har ledelsen ved K2 derfor arbeidet med en revisjon av dagens situasjon i dialog med de gruppene og lederne som er aktuelle.

En oversikt over justerte forskningsgrupper og forskningsgruppeledere er vedlagt. Oppdatering av informasjon på nettsider vil bli gjennomført fortløpende.

Vi takker grupper, tidligere og nye ledere for en konstruktiv diskusjon. Velkommen til nye ledere og takk for at dere vil stille til denne viktige oppgaven.

Benytter anledningen til å ønske dere alle alt godt for 2020.

På vegne av ledelsen ved K2,

Pål

Minner om arbeidsseminaret for OSKE6 og OSKE12 torsdag 6. februar 2020 på Scandic Bergen City fra kl 09.00 til 16.00. I etterkant av seminaret blir det middag for de som ønsker å være med på det.

Påmeldingslenke her.
Frist for påmelding 14.01.20

Hovedformålet med seminaret er å sørge for å få laget et bredt repertoar av OSKE-oppgaver. Det forventes at alle fagene på medisinstudiet er representert på seminaret. Alle kliniske fag må være representerte.

For informasjon om OSKE som vurderingsform, se ferdighetssenteret sine nettsider.

For første gang lanseres felles søknadsskjema for tilgang til helsedata fra ulike aktører. Forskere og andre som søker tilgang til helsedata finner nå 47 datakilder i samme skjema på helsedata.no. Dette er et viktig steg mot å gjøre tilgangen til helsedata enklere, raskere og sikrere.

Mer info finner du her.