Mitt namn er Oda Barth Vedøy, og eg overtar denne veka som redaktør for K2Nytt. Eg byrja som stipendiat i ETEC-gruppa i oktober 2019, og i mitt prosjekt vil eg undersøkje dynamikken i tarmens mikrobiom under eksperimentell infeksjon med enterotoksisk E. coli. Rettleiarane mine er Hans Steinsland og Kurt Hanevik. Eg tok mastergraden min i generell mikrobiologi på matematisk-naturvitskapeleg fakultet, og er dimed relativt fersk på K2. Eg ser fram til å bli betre kjend med instituttet gjennom arbeidet i K2Nytt. Ta kontakt dersom du har innspel eller ynskjer å bidra med saker til K2Nytt. Du kan treffe meg på min kontorplass i 5. etasje i laboratoriebygget, eller sende ein e-post til oda.vedoy@uib.no.

Hva arbeider du med?
Jeg er PhD stipendiat i Bergen gynekologiske kreftforskningsgruppe på Kvinneklinikken under veiledning av Camilla Krakstad og Erling Høivik. Jeg jobber med prekliniske modeller i endomtriekreft. Første del av mitt prosjekt har vært å etablere en protokoll for dyrking av pasient-deriverte organoider («mini-svultser») og organoid-baserte PDX musemodeller som henholdsvis in vitro og in vivo modeller for endometriekreft. Jeg skal nå bruke disse modellsystemene til å studere den underliggende biologien i endometriesvultser (f.eks. heterogenitet på enkeltcellenivå) og til å teste relevante målrettede legemidler. Arbeidet blir utført i forskningslaboratoriet på Kvinneklinikken, men jeg er også på dyreavdelingen (BBB) og i laboratoriebygget ved behov. I tillegg til forskning, har jeg også jobbet som redaktør for K2-nytt som del av mitt pliktarbeid. Dette arbeidet blir nå overlevert til ny redaktør, Oda Vedøy.

Hvorfor du vil arbeide på K2/ hva liker du å jobbe med på K2?
Å arbeide på K2 har gitt meg muligheten til å ta del i forskning på høyt internasjonalt nivå. Vi har tilgang til «state-of-the-art» utstyr og høy kompetanse ved kjernefasiliteter og hos andre K2-affilierte forskningsgrupper – dette gir oss muligheter i stedet for begrensninger. Disse mulighetene og et godt arbeidsmiljø bidrar til god motivasjon, inspirasjon og økt kompetanse. Å være redaktør for K2-nytt har gitt meg muligheten til å bli kjent med K2 og K2ere, noe som kommer godt med på starten av PhD programmet. En god oversikt over hva som skjer på K2 kommer også med jobben. Det har vært nyttig, og det har vært både oppløftende og kjekt å jobbe sammen med K2 administrasjonen. Med det takker jeg for meg og ønsker Oda lykke til som redaktør videre.

Til alle ansatte.

Det nærmer seg tiden for UiBs store nasjonale bærekraftskonferanse 6. og 7.
februar. Som i fjor holder vi en arrangementsdag den 5. februar som vi kaller
Day Zero. Her finnes det noe for enhver smak, og godt faglig påfyll.

Du kan delta på en rekke svært interessante seminarer og workshops med ulike
tilnærminger til bærekraft. Har du studenter i undervisning kan kanskje noen av
arrangementene være relevant å ta med studentene på. Day Zero er selvfølgelig
gratis og et virkelig unikt tilbud.

Det er mer enn 30 arrangement å velge mellom, og temaene spenner bredt. Ta en
titt på listen her.

Med vennlig hilsen,

Ingrid Hagerup

Nytt år betyr ny søknadsrunde til Norges forskningsråd som i år har frist 6. mai. Det er ikke kommet ut noe informasjon men mest sannsynlig vil en ha mulighet til å søke på helseprogrammene BEHANDLING, BEDREHELSE og HELSEVEL og programmet FRIPRO som er åpent for alle tematiske områder. Innen FRIPRO kan en søke om forskerprosjekt, mobilitetsstipend og unge talenter. Mobilitetsstipend og unge talenter er rettet mot forskere på et tidlig stadium i karrieren, 2-7 år etter disputas med mulighet for å trekke fra tid for permisjoner, etc.

Det går rykter om at det neste fellesløftet (Toppforsk) også vil ha frist 6.mai. Dette er et program for å utvikle sterke forskningsmiljøer til å bli internasjonalt ledende innenfor sine fagfelt. Ingenting er bekreftet men svar gjerne i spørreskjemaet (lenke under) om dette programmet er av interesse så tar vi kontakt når vi får mer informasjon.

Instituttet vil gjerne vite hvem som planlegger å søke i år for å kunne planlegge administrative ressurser. Vi ber de som planlegger å søke om å fylle inn skjemaet innen 31.januar, det tar 2 min:

https://skjemaker.app.uib.no/view.php?id=7844053

Du inviteres herved til kræsjkurs i Design Thinking, fredag 24.januar 0900-1600 på Marineholmen Makerspace.

Design Thinking er hovedverktøy for innovasjon, fokusert på brukerbehov og rask testing av praktiske løsninger. Seminaret med Federico Lozano er svært høy kvalitet, nyttig for alle fagområder, og ikke minst veldig gøy! NB: svært begrenset antall plasser, påmelding kun via link.

The Respiratory Research group is organising the workshop

Bioinformatic analysis of the airway microbiome: A QIIME2 workshop

16th – 20th of March 2020

This five-day workshop focuses on applied bioinformatics in the field of microbiome data mainly for non-computer scientists using QIIME2. The QIIME2 developers Greg Caporaso and Matthew Ryan Dillon will teach at the workshop.

Participants are required to have some experience with QIIME2 prior to attending the workshop, as no introduction to QIIME2 will be given. Examples used in the workshop will be from the MicroCOPD study, which is data consisting of 16S-rRNA (bacterial) and ITS (fungal) sequencing data from lung samples. Since these samples are low biomass, an emphasis will be on the challenges related to contamination in microbiome analysis.

Participants can bring their own data, but workshop datasets will also be provided. The sessions in the workshop include interactive discussions on several related topics such as different denoising strategies, bioinformatic identification and handling of contaminants, filtering strategies, diversity analyses, differential abundance testing, statistics interpretation, and visualisation and presentation of data.

The spaces are limited, and priority will be given to applicants with relevant background. If you are interested in attending the course, check out the information here:

https://www.digitallifenorway.org/arrangementer/bioinformatic-analysis-of-the-airway-microbiome-a-qiime2-workshop

Dette er en påminnelse om innsending av forskerlinjeprosjekt.

PROSJEKTER BES SENDT PÅ EPOST TIL marianne.stien@uib.no.

Les videre →