K2 Nytt

[:no]«To study human biology, we must know our cells. Human physiology emerges from normal cellular functions and intercellular interactions. Human disease entails the disruption of these processes» Sitatet er hentet fra presentasjonen av «The Human Cell Atlas» i eLife. The Human Cell Atlas Consortium er et internasjonalt samarbeidsprosjekt som har som mål å beskrive alle typer humane celler og koble denne informasjonen med klassisk cellebiologisk kunnskap som lokalisasjon og morfologi. Atlaset skal være åpent tilgjengelig for alle forskere. I juni bevilget Chan Zuckerberg initiativet 68 millioner dollar til 38 forskningsgrupper for å studere ulike organer og systemer (som immunsystemet) i ulike populasjoner ved hjelp av prøver fra blod og organer (organdonorer, operasjonsvev). De neste årene vil det trolig bli generert enormt mye ny informasjon om våre celletyper og deres funksjon og interaksjon med andre celler.

Noen av forskningsgruppene på K2 har startet å ta i bruk enkeltcellemetoder, men nå blir dette mer tilgjengelig. Ni forskningsgrupper ved fakultetet har spleiset på innkjøp av 10X Genomics-teknologien som gjør det mulig å studere opp til 10 000 enkelt celler i ett forsøk. Teknikken baserer seg på isolering av enkeltceller i oljedråper som også inneholder barkodete primersekvenser. Deretter bulksekvenserer man alle cellene og kan dermed se hvilke gener som uttrykkes i hver enkelt celle, noe som kan brukes til å konstruere et vevskart der cellene grupperes etter egenskaper. I tillegg til RNA-seq kan 10X analysere kopinummervariasjon, ATAC-sekvensering på enkeltceller, og lange genom- og eksomsekvenseringer (https://www.10xgenomics.com/). Teknikken åpner for et vel av muligheter til å studere sykdomsprosesser på enkeltcellenivå og teste ut ulike behandlinger. Et nærliggende eksempel er kreftbehandling og behandlingsresponser til ulike tumorceller.

10X-maskinen vil bli lokalisert på Flowplattformen og det bli gitt opplæring i bruken. Interessenter kan kontakte Flowplattformen for nærmere informasjon. Forhåpentligvis vil mange grupper benytte seg av enkeltcelleteknikker.

Lykke til

Eystein Husebye[:en]The Human Cell Atlas Project is an international collaborative effort that aims to define all human cell types in terms of distinctive molecular profiles (such as gene expression profiles) and to connect this information with classical cellular descriptions (such as location and morphology). This quote is from the presentation of «The Human Cell Atlas» in eLife. The Human Cell Atlas Consortium is an international collaborative project aimed at describing all types of human cells and linking this information with classical cell biology knowledge such as localization and morphology. The atlas will be openly available to all researchers. In June, The Chan Zuckerberg Initiative granted $ 68 million to 38 research groups around the world to study various organs and systems (like the immune system) in different populations using blood and organ specimens (organ donors, surgical tissue). In the next few years a host of information will be available to increase our understanding of normal physiology and pathology.

Some of the research groups at K2 have started using these methods, but now nine different groups at our faculty have pitched in money to buy the10X Genomics technology, making it easier to get started with single-cell studies. With 10x technology, up to 10,000 single cells can be studied in one experiment. The technique is based on the isolation of single cells in oil droplets together with a package of barcoded primers. In addition to RNA-seq 10x performs copy number profiling, ATAC sequencing at single cell resolution and long read genome- and exome sequencing (https://www.10xgenomics.com/). This enables one to extract information about the individual cell after bulk sequencing of the sample, and for example construct a tissue map where the cells are grouped according to properties. The technique opens up a wealth of opportunities to study disease processes at the single cell level and test out various treatments. A nearby example is cancer treatment and treatment responses to various tumor cells.

The 10X machine will be located on the Flow Cytometry Core Facility at K2. Those interested can contact the Core Facility for further information. I hope that many groups will seize the opportunity to use single cell techniques.

Good luck

Eystein Husebye[:]