Kategoriarkiv: K2Nytt Uke 39

Nye muligheter for enkeltcellestudier ved K2

«To study human biology, we must know our cells. Human physiology emerges from normal cellular functions and intercellular interactions. Human disease entails the disruption of these processes» Sitatet er hentet fra presentasjonen av «The Human Cell Atlas» i eLife. The Human Cell Atlas Consortium er et internasjonalt samarbeidsprosjekt som har som mål å beskrive alle typer humane celler og koble denne informasjonen med klassisk cellebiologisk kunnskap som lokalisasjon og morfologi. Atlaset skal være åpent tilgjengelig for alle forskere. I juni bevilget Chan Zuckerberg initiativet 68 millioner dollar til 38 forskningsgrupper for å studere ulike organer og systemer (som immunsystemet) i ulike populasjoner ved hjelp av prøver fra blod og organer (organdonorer, operasjonsvev). De neste årene vil det trolig bli generert enormt mye ny informasjon om våre celletyper og deres funksjon og interaksjon med andre celler.

Noen av forskningsgruppene på K2 har startet å ta i bruk enkeltcellemetoder, men nå blir dette mer tilgjengelig. Ni forskningsgrupper ved fakultetet har spleiset på innkjøp av 10X Genomics-teknologien som gjør det mulig å studere opp til 10 000 enkelt celler i ett forsøk. Teknikken baserer seg på isolering av enkeltceller i oljedråper som også inneholder barkodete primersekvenser. Deretter bulksekvenserer man alle cellene og kan dermed se hvilke gener som uttrykkes i hver enkelt celle, noe som kan brukes til å konstruere et vevskart der cellene grupperes etter egenskaper. I tillegg til RNA-seq kan 10X analysere kopinummervariasjon, ATAC-sekvensering på enkeltceller, og lange genom- og eksomsekvenseringer (https://www.10xgenomics.com/). Teknikken åpner for et vel av muligheter til å studere sykdomsprosesser på enkeltcellenivå og teste ut ulike behandlinger. Et nærliggende eksempel er kreftbehandling og behandlingsresponser til ulike tumorceller.

10X-maskinen vil bli lokalisert på Flowplattformen og det bli gitt opplæring i bruken. Interessenter kan kontakte Flowplattformen for nærmere informasjon. Forhåpentligvis vil mange grupper benytte seg av enkeltcelleteknikker.

Lykke til

Eystein Husebye

Seminarserie Senter for ernæring, onsdag 2. oktober

Senter for ernæring har gleden av å invitere til et nytt seminar i vår seminarrekke. Serien tar opp sentrale utfordringer innen ernæring og helse.

Tid: Onsdag 2. oktober kl. 14.30-15.30

Sted: Auditorium 2, BB-bygget, Jonas Lies vei 91

Computational Data Analytics on the Web for Better Food Decision

Speaker: Christoph Trattner 

Moderator: Gülen Arslan Lied

Christoph Trattner is an Associate Professor at the University of Bergen at the Information Science & Media Studies Department. Previously, he was an Asst. Prof. at MODUL University Vienna at the New Media Technology Department. He also founded and led the Social Computing department at the Know-Center, Austria’s research competence for data-driven business and big data analytics.

According to the World Health Organization around 80% of cases of heart disease, strokes and type 2 diabetes could be avoided if people were to implement a healthier diet. Computational data analytics approaches have been touted as a valuable asset in achieving the ambitious goal of understanding user behavior and being able to develop intelligent online systems, which can positively influence people’s food choices. In this talk, he will present his latest research on computational data analytics approaches to understand, predict and potentially change food decision making in an online context.

Det blir lett servering.

Velkommen!

http://www.uib.no/ernaring

Immunologi, stamcellebehandling og kreftmedisin

Biomedical Network har gleden av å invitere til møte med fokus på immunologi, stamcellebehandling og kreftmedisin.

Tid: 16. oktober kl. 13.30

Sted: Bikuben, Haukeland universitetssykehus

Påmelding her.

Biomedical Network er et nettverksamarbeid mellom Helse Bergen, UiB, Legemiddelindustriforeningen og VIS. Nettverket tar sikte på å bli en felles plattform for innovasjon og prosjektutvikling på tvers av akademiske, offentlige og private aktører, og er støttet av Norges Forskningsråd.

Program
13:30 – 14:35 Åpning

Forskningsdirektør/Førsteamanuensis Eli Renate Grüner, Helse Bergen/UiB 

Autolog stamcellebehandling

Overlege/Professor Lars Bø, Helse Bergen/UiB

Immunologiske preparater

Arnt-Ove Hovden, Medical Affairs Lead & Medical Manager hos Boehringer Ingelheim

Immunterapi ved melanom

Overlege/Professor Oddbjørn Straume, Helse Bergen/UiB

Hvilke muligheter opplever farmasøytiske firma innenfor immunologisk terapi

Andrey Solokov, Medical Advisor hos AbbVie

14:35 – 15:05 Mingling og lett servering
15:05 – 15:50 Støtteordninger fra forskningsrådet

Spesialrådgiver Rigmor Fardal, Forskningsrådet

NorCRINs arbeide for å bedre forholdene for kliniske utprøvingsstudier

Overlege Camilla Tøndel, NorCRIN/Helse Bergen

Pasienterfaringer fra deltakelse i kliniske utprøvingsstudier

15:50 – 16:05 Pause
16:05 – 16:35 Precision Imaging in Gynecologic Cancer 

Overlege/Professor Ingfrid S. Haldorsen, UiB/Helse Bergen

Advanced medical visualization

Førsteamanuensis Noeska Smit, UiB

Mingling

Nytt om Navn: Cathrine Ebbing

Cathrine Ebbing begynte 1.9 2019 i 50% stilling som 1.amanuensis ved K2, G16. Jeg er spesialist i fødselshjelp og kvinnesykdommer og har jobbet på Kvinneklinikken i Bergen siden 1999. Mitt spesialfelt er fostermedisin og ultralyd. Mitt forskningsområde er både klinisk forskning innen fostermedisin og perinatalmedisin, men også epidemiologisk forskning med data fra Medisinsk fødselsregister. Jeg har ved ansettelse i 50% amanuensis stilling fått oppgaven å lede forskningsgruppen «Svangerskap, fosterutvikling og fødsel» under K2. Det blir spennende. Jeg gleder meg også til å undervise medisinerstudenter. Kan kontaktes på e-post: Cathrine.Ebbing@helse-bergen.no Cathrine.Ebbing@molmed.uib.no

 

Nytt om navn: Maria Omsland

Maria Omsland startet som CCBIO Post Doktor i forskningsgruppen til Prof. Bjørn Tore Gjertsen (The signaling-targeted therapy group). Omsland har BSc i Bioingeniørfag samt MSc og PhD i medisinsk cellebiologi som ble fullført på samme forskningsgruppe i 2017. Hun har kommet tilbake fra et litt over 2-år langt forskningsopphold som post doktor ved National Institutes of Health (NIH) og intredde i stillingen ved K2 20.08.2019. I sitt nye prosjekt vil hun fokusere på celle-til-celle kommunikasjon og signalering i  beinmargsmiljøet i kronisk myeloid leukemi før og under behandling med tyorin kinase inhibitorer, med hovedvekt på bruk av imaging mass cytometry (IMC) og 2-foton mikroskopering av levende organismer. E-post: maria.omsland@uib.no

Nye publikasjoner

Her er nyere publikasjoner med bidrag fra K2 basert på siste ukes litteratursøk på PubMed (og eventuelt artikler som ikke har vært med i tidligere lister). Denne gangen inkluderer listen totalt 7 nyere publikasjoner. Oppføringene forekommer i den rekkefølgen de er mottatt fra NCBI. Hvis du har publikasjoner som ikke er inkludert i denne eller tidligere lister, sendes referansene til Hege F. Berg.

Les videre

Søknadsfrister

Kjære alle sammen.

Vennligst se under de oppdaterte lenkene for ekstern finansiering.

Eksterne finansieringsmuligheter:
http://www.uib.no/en/med/112772/external-funding-opportunities

Finansieringsmuligheter for utdanning:
http://www.uib.no/med/113987/funding-opportunities-education

Nettsidene oppdateres hver annen uke. Nye oppføringer er merket med NEW.

Vennlig hilsen
Amra, Ramune og Kaia